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Re: 请教Nanostring结果分析
[版面:生物学][首篇作者:NobleBen] , 2019年10月17日11:53:09 ,次阅读,次回复
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NobleBen
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发信人: NobleBen (be nice, be patient!!!!), 信区: Biology
标  题: Re: 请教Nanostring结果分析
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Oct 17 11:53:09 2019, 美东)

normalization for the first step,

comparison testing second step
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oakfarm
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发信人: oakfarm (OK农场), 信区: Biology
标  题: Re: 请教Nanostring结果分析
发信站: BBS 未名空间站 (Tue Oct 22 15:29:34 2019, 美东)

我觉得吧,搞生物的简直不知道自己在做什么,根本不知道实验设计为何物,就上一堆
数据。逻辑思维全无。

你的数据中问题多着呢。
最基本的normalization做了吗?  假设你做了。
实验设计有control样本吗,没control你数据就白做。而且control怎么也得设计三个
以上。

control样本还得是已知某些细胞不表达的,这才是合理的control。

你这个认为400就是表达了, 50就是不表达,这种思维不可取。

某些基因本来就高表达,400这个值或许就是不表达。例如在control中此基因表达3000

某些基因本来就低表达,50或许就是高表达,例如在control中此基因为10
————————————————————————
另外生物学家们,看到一个marker基因表达了,就说这个细胞表达了?殊不知很多细胞
都能表达这个marker基因!   要想说某个细胞类型存在高表达,需要有这个细胞类型
的signature基因列表,然后这个基因列表要显著(起码p<=0.05)富集(enrich)差异
表达基因,或者使用GSEA说明存在富集。



看到生物学家们这么认识问题和做科研,我真为你们捉急!!








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oakfarm
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发信人: oakfarm (OK农场), 信区: Biology
标  题: Re: 请教Nanostring结果分析
发信站: BBS 未名空间站 (Tue Oct 22 15:34:11 2019, 美东)

这不是懂不懂nanostring数据的问题,是懂不懂实验设计和基本科学的问题。
看到一个marker表达了,就说有某细胞,真觉得这样生物科研就是胡扯淡。
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