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请教Nanostring结果分析
[版面:生物学][首篇作者:MaldiniAC] , 2019年10月14日16:34:06 ,615次阅读,4次回复
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MaldiniAC
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发信人: MaldiniAC (小马哥), 信区: Biology
标  题: 请教Nanostring结果分析
发信站: BBS 未名空间站 (Mon Oct 14 16:34:06 2019, 美东)

最近刚接触Nanostring,结果分析不太懂。

比如我run了11个病人sample,加上一个standard,用的panel能检测780个基因,结果
导成excel表格后,想看自己感兴趣的基因的表达,而最终目的是想根据表达来决定我
的样品里有没有某些细胞(比如免疫细胞),因此我就去看那些免疫细胞的marker基因
,公司说standard不是拿来和样品比较的,是别的功能。因此,我现在只能是根据值高
(比如400,700)低(30,50)来判断哪些样品的这个基因表达高,但我不能决定30,
50这种值的样品,是不是有免疫细胞。这种有/没有 得怎么判断才行?还是根本就没法
判定? 谢谢!

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NobleBen
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发信人: NobleBen (be nice, be patient!!!!), 信区: Biology
标  题: Re: 请教Nanostring结果分析
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Oct 17 11:53:09 2019, 美东)

normalization for the first step,

comparison testing second step
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MaldiniAC
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发信人: MaldiniAC (小马哥), 信区: Biology
标  题: Re: 请教Nanostring结果分析
发信站: BBS 未名空间站 (Fri Oct 18 14:57:38 2019, 美东)

我同事show我的时候,弄过normalization,那你觉得这种情况下,30,50这么低的值
,也可以认为有那种基因表达吗?

我们的实验目的是想知道我们的组织里有/没有免疫细胞,你觉得用Nanostring来达到
这个目的合适吗? 有没有更好的方法? (不要免疫组化,那个工作量太大了,要染各
种各样的抗体。。) 谢谢


【 在 NobleBen (be nice, be patient!!!!) 的大作中提到: 】
: normalization for the first step,
: comparison testing second step



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oakfarm
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发信人: oakfarm (OK农场), 信区: Biology
标  题: Re: 请教Nanostring结果分析
发信站: BBS 未名空间站 (Tue Oct 22 15:29:34 2019, 美东)

我觉得吧,搞生物的简直不知道自己在做什么,根本不知道实验设计为何物,就上一堆
数据。逻辑思维全无。

你的数据中问题多着呢。
最基本的normalization做了吗?  假设你做了。
实验设计有control样本吗,没control你数据就白做。而且control怎么也得设计三个
以上。

control样本还得是已知某些细胞不表达的,这才是合理的control。

你这个认为400就是表达了, 50就是不表达,这种思维不可取。

某些基因本来就高表达,400这个值或许就是不表达。例如在control中此基因表达3000

某些基因本来就低表达,50或许就是高表达,例如在control中此基因为10
————————————————————————
另外生物学家们,看到一个marker基因表达了,就说这个细胞表达了?殊不知很多细胞
都能表达这个marker基因!   要想说某个细胞类型存在高表达,需要有这个细胞类型
的signature基因列表,然后这个基因列表要显著(起码p<=0.05)富集(enrich)差异
表达基因,或者使用GSEA说明存在富集。



看到生物学家们这么认识问题和做科研,我真为你们捉急!!








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oakfarm
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发信人: oakfarm (OK农场), 信区: Biology
标  题: Re: 请教Nanostring结果分析
发信站: BBS 未名空间站 (Tue Oct 22 15:34:11 2019, 美东)

这不是懂不懂nanostring数据的问题,是懂不懂实验设计和基本科学的问题。
看到一个marker表达了,就说有某细胞,真觉得这样生物科研就是胡扯淡。
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