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生物上,近几年最不水最有solid进展的
[版面:生物学][首篇作者:mitbbsrobot] , 2017年07月16日00:27:27 ,4160次阅读,14次回复
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mitbbsrobot
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发信人: mitbbsrobot (机器人), 信区: Biology
标  题: 生物上,近几年最不水最有solid进展的
发信站: BBS 未名空间站 (Sun Jul 16 00:27:27 2017, 美东)

那就是computational biology和Bioinformatics了吧。我仅仅说学术领域

唯一的金标准就是,有多少已经应用,或者不就就可以进入应用领域,其他领域有啥?
computational biology上,现在测序在很多疾病上已经成为标准操作,估计下一步,
可能epigenetic一些东西,chipseq之类,也要标准化了,其他方面有类似的吗?大部
分文章,实验都重复不出来的,都退下吧
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huskyGG
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发信人: huskyGG (huskyGG), 信区: Biology
标  题: 生物上,近几年最不水最有solid进展的
发信站: BBS 未名空间站 (Sun Jul 16 00:49:04 2017, 美东)

完全错误。Computational biology 和bioinformatics 可能造假不多,但若说对实践
的指导意义, 几乎为零。近几年最solid的 ips cell, crispr/cas9, immunotherapy
都是实实在在的进步,不仅深刻地改变了我们对生命过程的认识,也在应用上面有具体
的操作。

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crispr2016
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发信人: crispr2016 (), 信区: Biology
标  题: Re: 生物上,近几年最不水最有solid进展的
发信站: BBS 未名空间站 (Sun Jul 16 08:00:21 2017, 美东)

CRISPR 的效率和安全方面造假太多, 你只要自己用过你就知道CRISPR技术中那个
donor的随机整合有多么恐怖, 那个ssODN donor效率有多低。

生物信息学压根就是个编故事的学科,除非实验生物领域不存在造假问题,建立在造假
的实验结果上的生物信息相关研究都是扯淡。


【 在 huskyGG (huskyGG) 的大作中提到: 】
: 完全错误。Computational biology 和bioinformatics 可能造假不多,但若说对实践
: 的指导意义, 几乎为零。近几年最solid的 ips cell, crispr/cas9,
immunotherapy
: 都是实实在在的进步,不仅深刻地改变了我们对生命过程的认识,也在应用上面有具体
: 的操作。



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quesstion100
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发信人: quesstion100 (QQ), 信区: Biology
标  题: Re: 生物上,近几年最不水最有solid进展的
发信站: BBS 未名空间站 (Sun Jul 16 10:12:15 2017, 美东)

生物信息应该还是有实用价值的,是基因诊断等的基础,它是很多应用型研究的奠基学
科。
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NicolasCage
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发信人: NicolasCage (尼古拉斯凯奇), 信区: Biology
标  题: Re: 生物上,近几年最不水最有solid进展的
发信站: BBS 未名空间站 (Sun Jul 16 11:51:29 2017, 美东)

以为学生物信息出来好找工作,结果也就比博后好一点点,还被IT“同行”鄙视的要死
【 在 mitbbsrobot (机器人) 的大作中提到: 】
: 那就是computational biology和Bioinformatics了吧。我仅仅说学术领域
: 唯一的金标准就是,有多少已经应用,或者不就就可以进入应用领域,其他领域有啥?
: computational biology上,现在测序在很多疾病上已经成为标准操作,估计下一步,
: 可能epigenetic一些东西,chipseq之类,也要标准化了,其他方面有类似的吗?大部
: 分文章,实验都重复不出来的,都退下吧



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glsmfz727
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发信人: glsmfz727 (), 信区: Biology
标  题: Re: 生物上,近几年最不水最有solid进展的
发信站: BBS 未名空间站 (Sun Jul 16 12:59:20 2017, 美东)

生物信息不能一棍子打死,测序那条线还是有很大意义的,最不靠谱的是网络预测,各
种模型和各种来源的数据瞎整合一通就能出篇文章,鬼都不信。建网络模型还是列常微
分方程相对靠谱点。
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PBSNPR
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发信人: PBSNPR (大刀王五), 信区: Biology
标  题: Re: 生物上,近几年最不水最有solid进展的
发信站: BBS 未名空间站 (Wed Jul 19 23:51:02 2017, 美东)

呵呵

【 在 crispr2016 () 的大作中提到: 】
: CRISPR 的效率和安全方面造假太多, 你只要自己用过你就知道CRISPR技术中那个
: donor的随机整合有多么恐怖, 那个ssODN donor效率有多低。
: 生物信息学压根就是个编故事的学科,除非实验生物领域不存在造假问题,建立在造假
: 的实验结果上的生物信息相关研究都是扯淡。
: immunotherapy



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maxdna
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发信人: maxdna (sunset heaven), 信区: Biology
标  题: Re: 生物上,近几年最不水最有solid进展的
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Jul 20 04:10:15 2017, 美东)


很好奇 Donor 随机整合概率有多少?有人研究过么?



【 在 crispr2016 () 的大作中提到: 】
: CRISPR 的效率和安全方面造假太多, 你只要自己用过你就知道CRISPR技术中那个
: donor的随机整合有多么恐怖, 那个ssODN donor效率有多低。
: 生物信息学压根就是个编故事的学科,除非实验生物领域不存在造假问题,建立在造假
: 的实验结果上的生物信息相关研究都是扯淡。
: immunotherapy



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crispr2016
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发信人: crispr2016 (), 信区: Biology
标  题: Re: 生物上,近几年最不水最有solid进展的
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Jul 20 04:19:58 2017, 美东)

关键词: DNA donor, random integration, frequency.

【 在 maxdna (sunset heaven) 的大作中提到: 】
: 很好奇 Donor 随机整合概率有多少?有人研究过么?



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PBSNPR
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发信人: PBSNPR (大刀王五), 信区: Biology
标  题: Re: 生物上,近几年最不水最有solid进展的
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Jul 20 10:05:42 2017, 美东)


【 在 crispr2016 () 的大作中提到: 】
: 关键词: DNA donor, random integration, frequency.



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lecroc2016
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发信人: lecroc2016 (lecroc), 信区: Biology
标  题: Re: 生物上,近几年最不水最有solid进展的
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Jul 20 11:22:17 2017, 美东)

哈哈,大多数做生物信息学的,就是应用软件(主要是R),分析一下数据,做点图,
这种技术含金量当然比纯IT的要低。但是,生物信息学还有一类是做方法和软件的那种
,他们本就是IT同行,没有被鄙视的。

【 在 NicolasCage (尼古拉斯凯奇) 的大作中提到: 】
: 以为学生物信息出来好找工作,结果也就比博后好一点点,还被IT“同行”鄙视的要死



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maxdna
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发信人: maxdna (sunset heaven), 信区: Biology
标  题: Re: 生物上,近几年最不水最有solid进展的
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Jul 20 15:32:01 2017, 美东)



random integration frequency 高得有多吓人啊?以后做stable cell line 是不是都
不需要抗生素筛选了?


【 在 crispr2016 () 的大作中提到: 】
: 关键词: DNA donor, random integration, frequency.



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lingzhuzi
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发信人: lingzhuzi (assdf), 信区: Biology
标  题: Re: 生物上,近几年最不水最有solid进展的
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Jul 20 18:46:14 2017, 美东)

random integration确实是一个不容忽视的问题。别的细胞没做过,就人胚胎干细胞而
言,用CRISPR做knock-in, 基本上成功knock-in的clone中至少20%的clone含有一个以
上的random integration。所以,建议做knock-in时,尽量降低donor vector的用量,
所有knock-in的clone必须用southern blot筛一遍,确保没有random integration。

【 在 maxdna (sunset heaven) 的大作中提到: 】
: 很好奇 Donor 随机整合概率有多少?有人研究过么?


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NicolasCage
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发信人: NicolasCage (尼古拉斯凯奇), 信区: Biology
标  题: Re: 生物上,近几年最不水最有solid进展的
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Jul 20 20:20:53 2017, 美东)

seq-bioinfo is already saturated. Back in 2010, a senior seq
bioinformaticist has a salary of 130k, now it's 110k. This is at the SD area.

【 在 glsmfz727 () 的大作中提到: 】
: 生物信息不能一棍子打死,测序那条线还是有很大意义的,最不靠谱的是网络预测,各
: 种模型和各种来源的数据瞎整合一通就能出篇文章,鬼都不信。建网络模型还是列常微
: 分方程相对靠谱点。



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NicolasCage
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发信人: NicolasCage (尼古拉斯凯奇), 信区: Biology
标  题: Re: 生物上,近几年最不水最有solid进展的
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Jul 20 20:20:56 2017, 美东)

seq-bioinfo is already saturated. Back in 2010, a senior seq
bioinformaticist has a salary of 130k, now it's 110k. This is at the SD area.

【 在 glsmfz727 () 的大作中提到: 】
: 生物信息不能一棍子打死,测序那条线还是有很大意义的,最不靠谱的是网络预测,各
: 种模型和各种来源的数据瞎整合一通就能出篇文章,鬼都不信。建网络模型还是列常微
: 分方程相对靠谱点。



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