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讨论一下,生物究竟哪个方向文章水分最多?
[版面:生物学][首篇作者:niuniu999] , 2017年07月11日23:29:21 ,6606次阅读,49次回复
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niuniu999
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发信人: niuniu999 (liontigerfish), 信区: Biology
标  题: 讨论一下,生物究竟哪个方向文章水分最多?
发信站: BBS 未名空间站 (Tue Jul 11 23:29:21 2017, 美东)

癌症机理?干细胞?免疫?生信?

和几个朋友聊了聊,有作干细胞的认为作机理,特别是癌症机理的文章水分太多,因为
无法论证;也有作生物web lab的认为生物信息,虽然每天都产大量数据,但文章几乎
都是扯蛋,关键还是要靠作bench生物的来论证,所以wet lab 和dry lab是帅和兵的关
系。

大家怎么看呢
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dimorphism
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发信人: dimorphism (雷小阿伦), 信区: Biology
标  题: Re: 讨论一下,生物究竟哪个方向文章水分最多?
发信站: BBS 未名空间站 (Wed Jul 12 00:18:49 2017, 美东)

Longevity

这圈子不光是最水,肯定也是最假。有人和我说过他们也没办法,不做手脚根本跟不上
其他实验室的脚步。简直是烂透了已经。
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jiaxiaofang
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发信人: jiaxiaofang (), 信区: Biology
标  题: Re: 讨论一下,生物究竟哪个方向文章水分最多?
发信站: BBS 未名空间站 (Wed Jul 12 06:08:07 2017, 美东)

wet说dry lab的数据不可靠,也是五十步笑百步了。把失败的实验藏起来,只把最符合
预期的图拿出来;单凭几个染色、WB、qPCR就编故事,从一个链条跨到另一个链条再夸
到下一个链条,这样的还少吗。

我觉得,基础机制都是靠谱的;根据现象编故事的,往往似是而非。
比如,H3K4me3跟激活转录有关、Cas9在gRNA的引导下切割DNA,某某蛋白的某个位点被
修饰引起降解等等,这种基本错不了(当然也不绝对),而且错了很快会被发现,比如
酸泡干细胞。

而看到某某表型,某个生物学问题、某个现象、然后编故事的,往往是胡扯:例如某某
基因突变,然后看到肿瘤,为了发文章只能编故事,这个基因target谁谁谁啦,然后引
起啥啥啥啦,然后癌症了。这种文章十篇里面有一篇能靠谱的就不错了。因为作者看到
了表型,就得编故事,想找所谓的机制,要靠查文献;首先本身文献就未必靠谱,别的
领域的潜规则作者也往往不懂,而且作者有了预期结论,有意无意地就会隐藏不利于自
己假说的数据,只关注符合预期的,最后差之毫厘谬以千里。

简单的说,hypothesis-driven research靠谱的少,或者比较适合工程领域,而
descriptive science,数据的积累最后往往带来惊喜。

【 在 niuniu999 (liontigerfish) 的大作中提到: 】
: 癌症机理?干细胞?免疫?生信?
: 和几个朋友聊了聊,有作干细胞的认为作机理,特别是癌症机理的文章水分太多,因为
: 无法论证;也有作生物web lab的认为生物信息,虽然每天都产大量数据,但文章几乎
: 都是扯蛋,关键还是要靠作bench生物的来论证,所以wet lab 和dry lab是帅和兵的关
: 系。
: 大家怎么看呢


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jiaxiaofang
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发信人: jiaxiaofang (), 信区: Biology
标  题: Re: 讨论一下,生物究竟哪个方向文章水分最多?
发信站: BBS 未名空间站 (Wed Jul 12 06:21:15 2017, 美东)

一个最好的例子就是Cas9。

1987年日本学者发现E coli里的回文序列,90年代西班牙的Francisco Mojica通过生物
信息分析,发现更多细菌都有这种序列。法国的Alexander Bolotin猜测CRISPR位点转
录出来反义RNA来抑制噬菌体基因表达(hypothesis!被证伪)。2004年酸奶公司的科
学家把CRIPSPR转给乳酸杆菌用来抵抗噬菌体。2005年John van der Oost开始逐个研究
Cas蛋白的功能,以及Virginijus Siksnys研究清楚了机制。

随后才有了Charpentier、Doudna、Feng Zhang的应用。在之前,这些研究都是无假设
驱动的,没有人知道CRISPR是干啥的,提出的理论也往往被证伪。

所以数据的积累、描述性的研究、基础机制的研究,更靠谱;而假设,在基础知识之上
编故事,往往导致胡扯。


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seraphzc
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发信人: seraphzc (Justin), 信区: Biology
标  题: Re: 讨论一下,生物究竟哪个方向文章水分最多?
发信站: BBS 未名空间站 (Wed Jul 12 12:36:38 2017, 美东)

难得在目前的生物版还能看到这样的好贴。我也一直是这个观点,hypothesis driven
虽然适合一些方向,但是肯定不是适用于所有的基础领域,不过现在也没办法,这么多
编故事的paper,跟NIH的政策也有关,申请R01最重要的就是hypothesis driven,仅仅
去观测一些现象的研究是绝对不可能被fund的,最容易被fund的是啥,是提出一个
hypothesis,然后结果是正是负都可以编出一个故事出来。我觉得这种非常的扯,尤其
是cancer领域的。

【 在 jiaxiaofang () 的大作中提到: 】
: 一个最好的例子就是Cas9。
: 1987年日本学者发现E coli里的回文序列,90年代西班牙的Francisco Mojica通过生物
: 信息分析,发现更多细菌都有这种序列。法国的Alexander Bolotin猜测CRISPR位点转
: 录出来反义RNA来抑制噬菌体基因表达(hypothesis!被证伪)。2004年酸奶公司的科
: 学家把CRIPSPR转给乳酸杆菌用来抵抗噬菌体。2005年John van der Oost开始逐个研究
: Cas蛋白的功能,以及Virginijus Siksnys研究清楚了机制。
: 随后才有了Charpentier、Doudna、Feng Zhang的应用。在之前,这些研究都是无假设
: 驱动的,没有人知道CRISPR是干啥的,提出的理论也往往被证伪。
: 所以数据的积累、描述性的研究、基础机制的研究,更靠谱;而假设,在基础知识之上
: 编故事,往往导致胡扯。



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happycn
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发信人: happycn (cnnnnc), 信区: Biology
标  题: Re: 讨论一下,生物究竟哪个方向文章水分最多?
发信站: BBS 未名空间站 (Wed Jul 12 16:14:26 2017, 美东)

基础的东西干货多一些,虽然其价值短时间内看不到。

偏应用的那些弄个现象然后炒作机理的,分子通路的,还有什么miRNA的,多数是水货
;尤其是miRNA在肿瘤的调控,真的那么神奇吗?
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dimorphism
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发信人: dimorphism (雷小阿伦), 信区: Biology
标  题: Re: 讨论一下,生物究竟哪个方向文章水分最多?
发信站: BBS 未名空间站 (Wed Jul 12 17:13:49 2017, 美东)

I can't type Chinese, but

how did they 证伪 their 提出的理论?

how is 理论 in your context different from hypo?



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※ 修改:·dimorphism 於 Jul 12 17:14:21 2017 修改本文·[FROM: 129.]
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Ccorruption
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发信人: Ccorruption (索南不锁), 信区: Biology
标  题: Re: 讨论一下,生物究竟哪个方向文章水分最多?
发信站: BBS 未名空间站 (Wed Jul 12 17:35:25 2017, 美东)

很显然是生物信息。没有列举足够的实验验证的我一个都不信。
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snowyday
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发信人: snowyday (买买提Fuckty), 信区: Biology
标  题: Re: 讨论一下,生物究竟哪个方向文章水分最多?
发信站: BBS 未名空间站 (Wed Jul 12 18:29:12 2017, 美东)

cancer,miRNA,NGS排名不分先后。如果这仨叠加在一起,就是七月半烧纸,糊弄鬼


【 在 niuniu999 (liontigerfish) 的大作中提到: 】
: 癌症机理?干细胞?免疫?生信?
: 和几个朋友聊了聊,有作干细胞的认为作机理,特别是癌症机理的文章水分太多,因为
: 无法论证;也有作生物web lab的认为生物信息,虽然每天都产大量数据,但文章几乎
: 都是扯蛋,关键还是要靠作bench生物的来论证,所以wet lab 和dry lab是帅和兵的关
: 系。
: 大家怎么看呢



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SpringIsGone
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发信人: SpringIsGone (DogFish), 信区: Biology
标  题: Re: 讨论一下,生物究竟哪个方向文章水分最多?
发信站: BBS 未名空间站 (Wed Jul 12 19:05:01 2017, 美东)

我做过cancer+miRNA, 至少我几乎是在胡鬼。我承认miRNA+肿瘤100%骗人。

【 在 snowyday (买买提Fuckty) 的大作中提到: 】
: cancer,miRNA,NGS排名不分先后。如果这仨叠加在一起,就是七月半烧纸,糊弄鬼



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carcinoma1
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发信人: carcinoma1 (carcinoma), 信区: Biology
标  题: Re: 讨论一下,生物究竟哪个方向文章水分最多?
发信站: BBS 未名空间站 (Wed Jul 12 20:12:51 2017, 美东)

别的我不知道,但是免疫就是个垃圾桶,再怎么造假都不为过,我以前的老板就是免疫
病的大牛,她在cns上造假造得可能连她自己都误以为是真的了,为了生存我只能以她
的理论学说为依托,造造小假,糊弄糊弄鬼
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woyuchengmo
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发信人: woyuchengmo (xiaoben), 信区: Biology
标  题: Re: 讨论一下,生物究竟哪个方向文章水分最多?
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Jul 13 01:27:02 2017, 美东)

ngs哪里不靠谱了?起码我验证的RNASEQ表达是非常准确的。我觉得genome wide的数据
比qpcr wb看那么几个基因表达要靠谱很多。


【 在 verdelite(石头) 的大作中提到: 】
<br>: NGS好像不太靠谱。
<br>
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missyiyayo
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发信人: missyiyayo (missyiyayo), 信区: Biology
标  题: Re: 讨论一下,生物究竟哪个方向文章水分最多?
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Jul 13 02:08:29 2017, 美东)

re!本科的时候喜欢过worm里的aging,相关的innate immunity呀啥的,总之whole
organism水平的表型。后来做了一轮rotation,发现数据全凭自己良心,重复不出来都
是常态,碰上个push的老板那就想看啥就能看到啥。

我们学校有人发了一N一S,都是一作,最后还是去了XSU,而且不是PSU,OSU这种常见
的XSU,我觉得还是因为坑不好

我觉得这个领域还是指着calico这种压力小慢慢做的地方了,学术圈太穷太
competitive


【 在 dimorphism (雷小阿伦) 的大作中提到: 】
: Longevity
: 这圈子不光是最水,肯定也是最假。有人和我说过他们也没办法,不做手脚根本跟不上
: 其他实验室的脚步。简直是烂透了已经。




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※ 修改:·missyiyayo 於 Jul 13 02:09:40 2017 修改本文·[FROM: 2601:0602:9501:a]
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niuniu999
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发信人: niuniu999 (liontigerfish), 信区: Biology
标  题: Re: 讨论一下,生物究竟哪个方向文章水分最多?
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Jul 13 02:27:23 2017, 美东)

我倒是觉得只要是能够论证的,水分相对少些,还有比较热的新技术,因为跟进的人多
,造假也会少一点。最烦,就是无厘头科幻小说,因为没法论证,基本上在写故事
--
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sunnyday
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发信人: sunnyday (胖头鱼。按斤卖就赚了), 信区: Biology
标  题: Re: 讨论一下,生物究竟哪个方向文章水分最多?
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Jul 13 11:14:53 2017, 美东)

看了这个标题让我笑死了。

这么说吧,这个取决于你如何定义“水分”

生物信息和计算生物,造假的并不多,因为几乎不需要造假(虽然也有几个人干这种事
情),但是有用的文章很少。结论要么就是和bench 作出来的经典结论一致,稍微有点
新意的结论大部分都过不了验证的关。根本起不到理论指导实践的作用,

干细胞太热所以有不少人掺水,但是整个领域总体而言还是可信的,因为有
developmental biology 那么多年的基础研究在那里摆着,不是那么容易造假。

免疫。。。其实不是那么水,但就是实验伪像太多,而很多人急于做结论所以经常有文
章被打脸。

癌症机理。。。我现在自己也做一点癌症机理,为了不被领域里面的人追杀,我说话就
客气一点吧。首先是检验模型本身就有大问题。那些基因敲除老鼠我就不说了,除了少
数几个血癌的模型,基本上没有几个靠谱的。就连大家都心照不宜用着的免疫缺陷老鼠
,其实并不是一个检验癌症的好模型,因为缺乏一个正常的免疫环境所以并不能真的当
作一个在体环境的测试品,在这个模型上作出来的结论只能认为是对癌症细胞的某些特
性(比方说tumorigenesis)的测试,不能直接推测其他方面。但是很多人在下结论的时
候一点都不谨慎。动不动就下一个吓死人的结论说他们克服了胰腺癌什么什么的。如果
胰腺癌那么好克服,教主(苹果的那个)就不会那么早死了。


miRNA 。。。这个怎么排也必定是水的top 2。因为这个东西本身就是一个微调的作用
,本来就不会有特别强的效果。也就是因此给某些人的行为提供了很多方便。

寿命和衰老。。。结论忒不可靠了。直接造假的倒不多(不需要),就是目前的
测试模型没有几个是robust的,基本上就是你想看到啥数据就能做出啥数据。
最后就是一群人自己做着玩。



【 在 niuniu999 (liontigerfish) 的大作中提到: 】
: 癌症机理?干细胞?免疫?生信?
: 和几个朋友聊了聊,有作干细胞的认为作机理,特别是癌症机理的文章水分太多,因为
: 无法论证;也有作生物web lab的认为生物信息,虽然每天都产大量数据,但文章几乎
: 都是扯蛋,关键还是要靠作bench生物的来论证,所以wet lab 和dry lab是帅和兵的关
: 系。
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※ 修改:·sunnyday 於 Jul 13 11:16:36 2017 修改本文·[FROM: 2601:0586:4001:8]
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Ccorruption
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发信人: Ccorruption (索南不锁), 信区: Biology
标  题: Re: 讨论一下,生物究竟哪个方向文章水分最多?
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Jul 13 12:36:34 2017, 美东)

NGS定义是第二代测序技术,是完全靠谱而且是历史性的突破。从NGS到RNAseq等的
quantitive analysis也是完全靠谱的。问题是大部分的生信的文章胡乱设计实验,然
后走个NGS的程序,然后出一些结论,结果结论完全经不起实验验证,也没有后续验证
来支持结论就发表。


【 在 snowyday (买买提Fuckty) 的大作中提到: 】
: cancer,miRNA,NGS排名不分先后。如果这仨叠加在一起,就是七月半烧纸,糊弄鬼



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Oncogene
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发信人: Oncogene (问天), 信区: Biology
标  题: Re: 讨论一下,生物究竟哪个方向文章水分最多?
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Jul 13 23:11:04 2017, 美东)

任何一个疾病的模型都有自身特有的局限性,所以真正好的研究是多模型多系统下求得
一个可靠可信的结论,癌症研究自然也不例外。
就像你说的免疫缺陷小鼠,虽然它有明显缺陷,但它用好了还是能回答很多问题的。说
到对疾病模型结果的过度阐述,现在追究起来也难说是杂志的错NIH的错还是科研人员
自己的错了--其实文章看多了,大家难道不一眼就能看出那是些八股文式的废话根本
做不得数的嘛?!

【 在 sunnyday (胖头鱼。按斤卖就赚了) 的大作中提到: 】
: 看了这个标题让我笑死了。
: 这么说吧,这个取决于你如何定义“水分”
: 生物信息和计算生物,造假的并不多,因为几乎不需要造假(虽然也有几个人干这种事
: 情),但是有用的文章很少。结论要么就是和bench 作出来的经典结论一致,稍微有点
: 新意的结论大部分都过不了验证的关。根本起不到理论指导实践的作用,
: 干细胞太热所以有不少人掺水,但是整个领域总体而言还是可信的,因为有
: developmental biology 那么多年的基础研究在那里摆着,不是那么容易造假。
: 免疫。。。其实不是那么水,但就是实验伪像太多,而很多人急于做结论所以经常有文
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geneontology
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发信人: geneontology (geneontology), 信区: Biology
标  题: Re: 讨论一下,生物究竟哪个方向文章水分最多?
发信站: BBS 未名空间站 (Fri Jul 14 12:31:34 2017, 美东)

Genomic signatures to guide gastric cancer chemotherapy
https://f1000research.com/posters/6-790
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cloudwin99
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发信人: cloudwin99 (willow), 信区: Biology
标  题: Re: 讨论一下,生物究竟哪个方向文章水分最多?
发信站: BBS 未名空间站 (Sun Jul 16 13:44:07 2017, 美东)

这么看来还是structure 这块还是比较solid的
【 在 sunnyday (胖头鱼。按斤卖就赚了) 的大作中提到: 】
: 看了这个标题让我笑死了。
: 这么说吧,这个取决于你如何定义“水分”
: 生物信息和计算生物,造假的并不多,因为几乎不需要造假(虽然也有几个人干这种事
: 情),但是有用的文章很少。结论要么就是和bench 作出来的经典结论一致,稍微有点
: 新意的结论大部分都过不了验证的关。根本起不到理论指导实践的作用,
: 干细胞太热所以有不少人掺水,但是整个领域总体而言还是可信的,因为有
: developmental biology 那么多年的基础研究在那里摆着,不是那么容易造假。
: 免疫。。。其实不是那么水,但就是实验伪像太多,而很多人急于做结论所以经常有文
: 章被打脸。
: 癌症机理。。。我现在自己也做一点癌症机理,为了不被领域里面的人追杀,我说话就
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quesstion100
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发信人: quesstion100 (QQ), 信区: Biology
标  题: Re: 讨论一下,生物究竟哪个方向文章水分最多?
发信站: BBS 未名空间站 (Sun Jul 16 14:09:30 2017, 美东)

最靠谱的还是药物研发
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